Los scripts CGI son, aun sin querer serlo, una puerta por donde pueden entrar los problemas debido a que dan acceso al shell de las máquinas donde está el servidor Web, permitiendo el acceso a información restringida, o posibilitando que el sistema sufra sabotajes del exterior. Por ello vamos a hacer alguna consideración sobre la seguridad en los servidores Web cuando se ejecutan scripts CGI. La mayoría de estos comentarios tienen sentido en entornos UNIX, y en otros sistemas operativos pueden carecer de valor.
Hay que intentar evitar que nuestros scripts se queden colgados por cualquier razón, y como respuesta a ese fallo se deje acceso al shell desde el que se estaban ejecutando, abriendo así las puertas a un acceso no controlado.